Choosing the right strategy to model longitudinal count data in Epidemiology: An application with CD4 cell counts

Background: Statistical models for analysis of correlated count data are important for answering epidemiological questions that involve taking individual count measurements repeatedly over time through the use of longitudinal studies. Conventional regression models for this type of data are inadequate, leading to improper conclusions and inference. An important application of longitudinal studies in Public Health is the evaluation and monitoring of patients with infectious diseases, such as HIV/AIDS, to determine their health status, to verify the treatment effects, and to make prognosis concerning the evolution of the disease, including interdependencies of clinical manifestations. The purpose of this article is to characterize different statistical strategies for analysis of longitudinal count data, emphasizing how to choose the most suitable model for the data and how to interpret the results. Methods:We illustrate their applicability by evaluating the effect of associated factors on lymphocyte CD4+T cell count in HIV seropositive patients in Salvador/Bahia - Brazil. We describe Poisson and Negative Binomial models using multilevel (ML) approach and generalized estimations equations (GEE) for analysis of longitudinal count data. Results: It is worth noting that the interpretation of the results from ML and GEE differs and they should not be compared directly. Conclusion: We believe that the statistical methodology for analysis of longitudinal studies with correlated count data can be useful to address several important questions in public health, particularly by helping to monitor patients and checking the effectiveness of treatments

Ferramenta estatística para análise de dados: comandos do software R

With technological advancement, data analysis has become a less arduous task. However, many researchers, teachers and students have difficulties in the analysis and interpretation of data from their academic activities and research. Thus, the objective of this article is to present the main commands of the R software for descriptive and exploratory analysis, comparison of means and validation of the assumptions of the tests used to analyze sensory data from the article proposed by Teixeira et al. (2020). It is worth noting that the objective of this article is to present the concepts, in a succinct way, of the tests used in the article by Teixeira et al. (2020) and the respective R software commands.Con el avance tecnológico, el análisis de datos se ha convertido en una tarea menos ardua. Sin embargo, muchos investigadores, profesores y estudiantes tienen dificultades para analizar e interpretar los datos de sus actividades académicas y de investigación. Así, el objetivo de este artículo es presentar los principales comandos del software R para análisis descriptivo y exploratorio, comparación de medias y validación de los supuestos de las pruebas utilizadas para analizar datos sensoriales del artículo propuesto por Teixeira et al. (2020). Vale la pena mencionar que el objetivo de este artículo es presentar los conceptos, de forma sucinta, de las pruebas utilizadas en el artículo de Teixeira et al. (2020) y los respectivos comandos del software R.Com o avanço tecnológico, as análises de dados se tornaram uma tarefa menos árdua. Porém, muitos pesquisadores, docentes e discentes apresentam dificuldades na análise e interpretação dos dados oriundos de suas atividades acadêmicas e pesquisas. Desta forma, o objetivo deste artigo é apresentar os principais comandos do software R para análise descritiva e exploratória, comparação de médias e validação dos pressupostos dos testes utilizados para analisar dados sensoriais oriundos do artigo proposto por Teixeira et al. (2020). Vale salientar que o objetivo deste artigo é apresentar os conceitos, de forma sucinta, dos testes utilizados no artigo de Teixeira et al. (2020) e os respectivos comandos do software R

DIVERSIDADE DE FUNGOS MICORRÍZICOS ARBUSCULARES NA CULTURA DA MANDIOCA EM FUNÇÃO DO PREPARO DE SOLO E DA ADUBAÇÃO

With objective in determine the diversity of arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) in cassava cultivation, under two soil tillage methods, in the presence and absence of fertilization, was performed an experiment at Fazenda Bomba, municipality of Cândido Sales, Bahia, in a randomized block design, with five repetitions, in subplots. In the plots were allocated the methods of soil preparation, manual and mechanized and in the subplots, the fertilization levels, without and with. Planting was carried out in November 2016 and soil and root collections were carried out in September 2017. Done the counting and identifying FMA species, was determined the species richness, the Shannon–Wiener diversity index, the Simpson dominance index, the root colonization rate, in addition to the chemical analysis of the soil. The data were submitted to analysis of variance by Test F, at 5% probability. It was also used Spearman correlation analysis and Canonical Correlation Analysis. The species of FMA with the highest incidence were Glomus sp1, Acaulospora mellea and Glomus macrocarpum.  In the presence of fertilization was observed highest number of spores Acaulospora mellea, greater number total spores and higher root colonization. The species of FMA varied with the different levels of chemical elements in the soil.Com objetivo de determinar la diversidad de hongos micorrícicos arbusculares (AMF) en el cultivo de yuca, bajo dos métodos de labranza del suelo, en presencia y ausencia de fertilización, fue realizado un experimento en Fazenda Bomba, municipio de Cândido Sales, Bahía, en un diseño de bloques al azar, con cinco repeticiones, en parcelas subdivididas. En las parcelas fueron assignado métodos de preparación del suelo, manual y mecanizado y en subparcelas, niveles de fertilización, sin y con. La siembra se realizó en noviembre de 2016 y las recolecciones de suelo y raíces se realizaron en septiembre de 2017. Hecho un contando e identificando especies de FMA, fue determinado una riqueza de especies, el índice de diversidad de Shannon - Wiener, el índice de dominancia de Simpson, la tasa de colonización de la raíz, además del análisis químico del suelo. Los datos se sometieron al análisis de varianza por la Prueba F, con una probabilidad del 5%. También fue utilizado Análisis de correlación de Spearman y análisis de correlación canónica. La especie de Las FMA con mayor incidencia fueron Glomus sp1, Acaulospora mellea y Glomus macrocarpum. En presencia de fertilización fue observado mayor número de esporas Acaulospora mellea, mayor número esporas totales y superiores colonización de raíces. La especie de FMA varió con los diferentes niveles de elementos químicos en el suelo.Com objetivo de determinar a diversidade de fungos micorrízicos arbusculares (FMA) em cultivo de mandioca, sob dois métodos de preparo do solo, na presença e na ausência de adubação, foi realizado um experimento na Fazenda Bomba, município de Cândido Sales, Bahia, em delineamento em blocos casualizados, com cinco repetições, em parcelas subdivididas. Nas parcelas foram alocados os métodos de preparo do solo, manual e mecanizado e nas subparcelas, os níveis de adubação, sem e com. O plantio foi realizado em novembro de 2016 e as coletas de solo e de raízes realizadas em setembro de 2017. Feita a contagem e identificação das espécies de FMA, foi determinada a riqueza de espécies, o índice de diversidade Shannon–Wiener, o índice de dominância de Simpson, a taxa de colonização radicular, além da análise química do solo. Os dados foram submetidos à análise de variância e as médias comparadas pelo Teste F, a 5% de probabilidade. Utilizou-se ainda a análise de correlação de Spearman e a Análise de Correlação Canônica. As espécies de FMA de maior incidência foram Glomus sp1, Acaulospora mellea e Glomus macrocarpum. Em presença de adubação foi observado maior número de esporos de Acaulospora mellea, maior número total de esporos e maior colonização radicular. As espécies de FMA variaram com os diferentes teores de elementos químicos no solo

Diversidade genética, tolerância aos fatores de acidez e eficiência simbiótica de rizóbios para cornichão de solos do Rio Grande do Sul

O cornichão é uma leguminosa forrageira perene hiberno-primaveril de grande importância para o Rio Grande do Sul, destacando-se pela capacidade de se manter em solos relativamente ácidos e pouco férteis. Com este trabalho, objetivou-se a seleção de rizóbios para cornichão tolerantes à acidez e ao Al tóxico e eficientes na fixação biológica de N em solos de baixa fertilidade. Foram avaliados 52 isolados de rizóbios de Lotus spp. obtidos de solos de cinco localidades do Rio Grande do Sul. Os rizóbios foram avaliados quanto à diversidade genética, à tolerância a pH 4,2 e ao Al tóxico. Entre os rizóbios tolerantes a fatores de acidez, sete foram avaliados quanto à eficiência simbiótica com plantas, em casa de vegetação, em vasos com solo não estéril. Observou-se alta diversidade genética entre os rizóbios estudados, dos quais 16 foram tolerantes a pH 4,2 e a 50 µM de Al em meio de cultura, produzindo populações da ordem de 10(7) até 10(8) UFC mL-1. Os sete rizóbios testados em casa de vegetação superaram as estirpes atualmente recomendadas para a produção de inoculantes, o que demonstra a existência, em solos do Rio Grande do Sul, de rizóbios tolerantes à acidez do solo e eficientes como fixadores de N em plantas de cornichão

Genetic diversity, tolerance to acidity factors and symbiotc efficiency of rhizobia of birdsfoot trefoil in soils of Rio Grande do Sul

O cornichão é uma leguminosa forrageira perene hiberno-primaveril de grande importância para o Rio Grande do Sul, destacando-se pela capacidade de se manter em solos relativamente ácidos e pouco férteis. Com este trabalho, objetivou-se a seleção de rizóbios para cornichão tolerantes à acidez e ao Al tóxico e eficientes na fixação biológica de N em solos de baixa fertilidade. Foram avaliados 52 isolados de rizóbios de Lotus spp. obtidos de solos de cinco localidades do Rio Grande do Sul. Os rizóbios foram avaliados quanto à diversidade genética, à tolerância a pH 4,2 e ao Al tóxico. Entre os rizóbios tolerantes a fatores de acidez, sete foram avaliados quanto à eficiência simbiótica com plantas, em casa de vegetação, em vasos com solo não estéril. Observou-se alta diversidade genética entre os rizóbios estudados, dos quais 16 foram tolerantes a pH 4,2 e a 50 μM de Al em meio de cultura, produzindo populações da ordem de 107 até 108 UFC mL-1. Os sete rizóbios testados em casa de vegetação superaram as estirpes atualmente recomendadas para a produção de inoculantes, o que demonstra a existência, em solos do Rio Grande do Sul, de rizóbios tolerantes à acidez do solo e eficientes como fixadores de N em plantas de cornichão.Birdsfoot trefoil is a perennial winter-spring forage legume, highly important in Rio Grande do Sul, in the south of Brazil. It stands out for the ability to survive in relatively acidic and nutrient-poor soils. This study aimed to select birdsfoot trefoil rhizobial strains with tolerance to acidity and aluminum toxicity and efficiency in nitrogen fixation in nutrient-poor soils. Fifty-two isolates of Lotus spp rhizobia from soils of five locations in the state of Rio Grande do Sul were evaluated. The strains were evaluated for genetic diversity and tolerance to pH 4.2 and to aluminum toxicity. Of the acid-tolerant rhizobia, seven were evaluated for symbiotic efficiency in plants grown in pots with non-sterile soil, in a greenhouse experiment. Genetic diversity in the studied rhizobia was high and 16 were tolerant to pH 4.2 and to 50 μM Al in media broth, reaching populations from 107 up to 108 CFU mL-1. The seven rhizobia tested in the greenhouse performed better than the strains recommended for inoculant production, demonstrating the existence of rhizobia tolerant to soil acidity and efficient in nitrogen fixation on birdsfoot trefoil plants in soils of Rio Grande do Sul

Genetic diversity, tolerance to acidity factors and symbiotc efficiency of rhizobia of birdsfoot trefoil in soils of Rio Grande do Sul

O cornichão é uma leguminosa forrageira perene hiberno-primaveril de grande importância para o Rio Grande do Sul, destacando-se pela capacidade de se manter em solos relativamente ácidos e pouco férteis. Com este trabalho, objetivou-se a seleção de rizóbios para cornichão tolerantes à acidez e ao Al tóxico e eficientes na fixação biológica de N em solos de baixa fertilidade. Foram avaliados 52 isolados de rizóbios de Lotus spp. obtidos de solos de cinco localidades do Rio Grande do Sul. Os rizóbios foram avaliados quanto à diversidade genética, à tolerância a pH 4,2 e ao Al tóxico. Entre os rizóbios tolerantes a fatores de acidez, sete foram avaliados quanto à eficiência simbiótica com plantas, em casa de vegetação, em vasos com solo não estéril. Observou-se alta diversidade genética entre os rizóbios estudados, dos quais 16 foram tolerantes a pH 4,2 e a 50 μM de Al em meio de cultura, produzindo populações da ordem de 107 até 108 UFC mL-1. Os sete rizóbios testados em casa de vegetação superaram as estirpes atualmente recomendadas para a produção de inoculantes, o que demonstra a existência, em solos do Rio Grande do Sul, de rizóbios tolerantes à acidez do solo e eficientes como fixadores de N em plantas de cornichão.Birdsfoot trefoil is a perennial winter-spring forage legume, highly important in Rio Grande do Sul, in the south of Brazil. It stands out for the ability to survive in relatively acidic and nutrient-poor soils. This study aimed to select birdsfoot trefoil rhizobial strains with tolerance to acidity and aluminum toxicity and efficiency in nitrogen fixation in nutrient-poor soils. Fifty-two isolates of Lotus spp rhizobia from soils of five locations in the state of Rio Grande do Sul were evaluated. The strains were evaluated for genetic diversity and tolerance to pH 4.2 and to aluminum toxicity. Of the acid-tolerant rhizobia, seven were evaluated for symbiotic efficiency in plants grown in pots with non-sterile soil, in a greenhouse experiment. Genetic diversity in the studied rhizobia was high and 16 were tolerant to pH 4.2 and to 50 μM Al in media broth, reaching populations from 107 up to 108 CFU mL-1. The seven rhizobia tested in the greenhouse performed better than the strains recommended for inoculant production, demonstrating the existence of rhizobia tolerant to soil acidity and efficient in nitrogen fixation on birdsfoot trefoil plants in soils of Rio Grande do Sul